Po návratu do vlasti byl však za účast na americkém programuApollo potrestán vyhozením z ČSAV (podobně se "dařilo" Ing. MiroslavuVobeckému z Ústavu jaderné fyziky ČSAV v Řeži, kterému dokonce NASA vzorkyměsíčního prachu zapůjčila pro radiochemickou analýzu). Petr Jakeš se všakihned uchytil v Ústředním ústavu geologickém (v budově na Malé Straně vPraze, kde dnes sídlí poslanecká sněmovna Parlamentu ČR), kde začínalznovu od píky jako geolog-mapér, posléze opět jako vědecký pracovník anakonec jako náměstek ředitele pro geologický výzkum.

V r. 1984 vydal v Mladé frontě v edici Orbis pictus své vrcholnépopularizační dílo "Planeta Země". Do Lunární laboratoře na Univerzitu vHoustonu se vrátil na stáž až po převratu počátkem 90. let minuléhostoletí. Po návratu z Houstonu přešel na přírodovědeckou fakultu UK, kdevědecky pracoval a přednášel v Ústavu geochemie, mineralogie a nerostnýchzdrojů. Zabýval se zde zejména výzkumem meteoritů, geochemií vesmírnýchtěles a Země a geologickými procesy na Zemi i dalších pevných tělesechsluneční soustavy.

Ani v tomto období však nezapomínal na soustavnou popularizacivědy a zejména poznatků z geologie, geochemie a planetologie. Vymyslel proČeskou televizi pravidelné relace o vědě pod názvem Vědník (předchůdcesoučasného Popularisu), které pak s úspěchem moderoval. Ještě na počátkuletošního roku bleskově zareagoval na katastrofalni zemětřesení vjihovýchodní Asii znamenitou knihou: "Vlny hrůzy: zemětřesení, sopky atsunami" (Lidové noviny). Za aktivitu a práci v programu Apollo ho ocenilaNASA; za popularizaci vědy jak ČSAV tak i Akademie věd ČR. V květnu 1999Mezinárodní astronomická unie na návrh objevitelky Ing. Jany Tiché z Kletěpo něm pojmenovala planetku (10170) Petrjakeš.

Petr Jakeš byl zkrátka neuvěřitelně výkonný muž, hýřící nápady,které za často zcela nepříznivých vnějších okolností dokázal nakonecuskutečnit. Se stejným nasazením vědu propagoval; nebral si přitomservítky, protože byl jednoznačně přesvědčen o tom, že na úspěšnémvědeckém bádání bude záviset i budoucí prosperita naší vlasti i celézeměkoule. Proto je jeho předčasný odchod v plné životní síle tak bolestnýpro všechny, kdo jsme měli to štěstí se s tímto nekonvenčním badatelemstýkat či spolupracovat.